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Endlich hieß es wieder Europapokal. Nach der gewonnenen Meisterschaft im Jahr 2006 ging es nach drei Jahren ohne internationale Pflichtspiele in die Qualifikation zur Champions League. Doch Spartak Moskau war eine Nummer zu groß und so stieg der FC Slovan in den UEFA-Cup ab. Nachdem Roter Stern Belgrad besiegt wurde, ging es in die Gruppenphase, wo wir unter anderem auf den FC Grasshoppers Zürich trafen.
Gegen das Team, das in dieser Saison von Ottmar Hitzfeld trainiert wurde, gab es nur ein Duell. Grund dafür war, dass damals fünf Teams pro Gruppe spielten. So waren die Züricher am 23. November 2006 zu Gast im Stadion U Nisy und wurden gleich kalt erwischt. In der 6. Minute brachte Jan Blazek den FC Slovan in Führung, doch wenige Minuten später konnte Roland Schwegler ausgleichen. Nach 21 Minuten stellte Tomás Zápotoèný die Führung wieder her, bevor Petr Papousek nach einer guten Stunde alles klar machte. In der Nachspielzeit gelang sogar noch das 4:1 durch Tomás Frejlach, was auch den Endstand darstellte.
Doch das alles nützte nichts, denn in den anderen drei Spielen wurden nur zwei weitere Punkte gesammelt und am Ende hieß es Platz 4 hinter Alkmaar, Sevilla und Braga.
