Zum zweiten Mal nach der Jahrtausendwende, in der Saison 2001/2002, qualifizierte sich die Mannschaft für einen Europapokal. Dieses Mal schieden sie aber nicht, wie im Jahr zuvor, in der zweiten Runde aus, sondern kamen bis unter die besten Acht. Soweit sollte es der FC Slovan bis heute nicht mehr schaffen. Im Viertelfinale bekamen sie mit Borussia Dortmund ein sehr starkes Los. Gegen den Bundesligisten, welcher in der gleichen Saison auch Meister werden sollte, schlug sich Slovan im Heimspiel sehr gut und konnte ein Remis erspielen. Doch Heimspiel konnte man die Begegnung im Prager Stadion Letna kaum nennen, da das heimische Stadion zum Zeitpunkt des Duells laut der UEFA nicht bespielbar war. Auf dem Rasen traf das Team von Trainer Ladislav Škorpil auf deutsche Legenden wie Jens Lehmann und Christoph Metzelder, aber auch der tschechische Riese Jan Koller und heute Sparta-Akteur Tomáš Rosický standen für die Borussen auf dem Platz.
Das Rückspiel fand im Westfalenstadion zu Dortmund statt. Bis zum Ende der ersten Halbzeit fielen keine Tore, doch bereits sechs Minuten nach Wiederanpfiff gingen die Borussen durch Amoroso mit 1:0 in Führung. Erneute sechs Minuten später versenkte Jan Koller den Ball zum 2:0 im Netz. Das Spiel schien sich nach den zwei schnellen Treffern etwas zu beruhigen, doch der Schein trügte. In der 71. Spielminute folgte der "Genickbruch" für Slovan, denn Lars Ricken erhöhte auf 3:0. Ewerthon machte den Sieg der Borussen perfekt und schob dem damaligen Torhüter Antonín Kinský das 4:0 ein. Es war zwar die höchste Niederlage die der Liberecer Fußballclub in einem UEFA-Wettbewerb erlitt, aber der Gegner war auch einer der Besten, gegen den sie je spielten.
Und so spielte Slovan...
im Viertelfinal-Hinspiel des UEFA-Cups am 14.03.2002 im Prager Stadion Letna:
Kinsky - Pilny, Valachovic, Holenak, Janu - Langer - Johana, Kolousek, Zboncak - Stajner, Nezmar
im Viertelfinal-Rückspiel des UEFA-Cups am 21.03.2002 im Dortmunder Westfalenstadion:
Kinsky - Pilny, Holenak, Johana, Janu - Capek, Langer, Kolousek, Zboncak - Stajner, Nezmar